全館空調のデメリットとして挙げられるのは、初期費用やメンテナンス料の高さです。全館空調の場合、導入の初期に200万円から300万円ほどかかるのが一般的で、通常のエアコンを購入するのに比べて導入費用が高くなっています。また、施工会社やメンテナンス会社などに定期的なメンテナンスを依頼する必要があるため運用にも費用がかかってきます。さらに、電気代がエアコンなどに比べて高くなるのも全館空調のデメリットと言えます。
費用面以外でも、部屋ごとの温度調節ができないため、使用していない部屋の温度を調節したり、暑がりな人や寒がりな人がいる場合でもその人に合わせて部屋ごとに温度を設定したりすることができません。
しかし、近年では技術の発達とともにこうしたデメリットの改善に成功しているメーカーもあります。初期費用やメンテナンス、光熱費の面でコスト削減が可能なメーカーや、各部屋での温度調整が可能という便利な機能を持った全館空調を開発しているメーカーもあります。